Équipe AMARA & MEERTENS

Biologie et Pathogénèse des Infections Virales (VIRPATH)

Le développement de traitements antiviraux efficaces constitue une priorité majeure dans la lutte contre les épidémies virales émergentes, une cause importante de morbidité et de mortalité à l’échelle mondiale comme l’a illustré la pandémie de COVID-19. La plupart des antiviraux actuellement disponibles ciblent des protéines virales, une stratégie qui favorise l’émergence de résistances et limite souvent leur spectre d’action. À l’inverse, les approches antivirales dirigées contre l’hôte tirent parti de la dépendance étroite des virus à la machinerie cellulaire. En ciblant des facteurs cellulaires essentiels à la réplication virale, ces stratégies offrent le potentiel de réduire le risque d’échappement viral tout en ouvrant la voie au développement d’antiviraux à large spectre. Grâce à des criblages génétiques à grande échelle et à des approches protéomique par spectrométrie de masse, notre équipe a identifié de nombreuses protéines cellulaires jouant un rôle clé dans le cycle infectieux de plusieurs virus émergents, notamment les virus de la dengue, Zika, Mayaro, le virus respiratoire syncytial, le SARS-CoV-2 et le virus Oropouche. Nous analysons désormais, à l’échelle moléculaire, les mécanismes par lesquels ces virus détournent ces facteurs de l’hôte, dans le but d’identifier de nouvelles vulnérabilités cellulaires exploitables pour le développement de stratégies antivirales innovantes.

Le polyomavirus BK (BKPyV) est un virus à ADN ubiquitaire qui établit une infection latente dans l’arbre urinaire chez plus de 90 % de la population. Chez les patients immunodéprimés — en particulier après transplantation rénale ou greffe de cellules souches hématopoïétiques — les altérations de l’homéostasie immunitaire favorisent la réactivation du BKPyV, pouvant conduire à une infection lytique des cellules épithéliales de l’arbre urinaire. Cette réactivation est responsable de complications sévères, telles que la néphropathie et la cystite hémorragique associées au BKPyV. L’augmentation marquée du recours aux transplantations, notamment rénales, a fait du BKPyV un enjeu émergent de santé publique. Cette problématique est d’autant plus critique qu’il reste difficile d’identifier les patients à risque de complications et qu’aucun traitement antiviral spécifique n’est actuellement disponible, la prise en charge reposant essentiellement sur la modulation de l’immunosuppression. Face à cette impasse thérapeutique, notre équipe a développé une approche intégrée visant à décrypter les mécanismes moléculaires de l’infection à BKPyV. En combinant l’utilisation de cellules primaires humaines, d’organoïdes rénaux et d’échantillons cliniques, nous cherchons à cartographier les interactions virus–hôte essentielles au cycle infectieux du BKPyV, à élucider les mécanismes contrôlant la latence virale et sa réactivation en contexte d’immunosuppression et à caractériser les réponses immunitaires anti-BKPyV tant systémiques que tissulaires. Ces travaux ont pour objectif d’ouvrir la voie au développement d’antiviraux innovants ciblant le BKPyV, à l’identification de biomarqueurs diagnostiques et pronostiques cliniquement exploitables, ainsi qu’à l’établissement de modèles précliniques pertinents pour l’étude de la pathogénèse et l’évaluation de nouvelles stratégies thérapeutiques. Ce projet s’inscrit dans le cadre du FHU TRANSVIR (« Innovative strategies to treat chronic viral infections after hematopoietic stem cell and solid organ transplantation »), un programme structurant porté par notre équipe qui fédère cliniciens et chercheurs autour des infections virales persistantes chez les patients greffés. Il bénéficie notamment de collaborations étroites avec les équipes d’Alexandre Loupy (Paris Institute for Transplantation & Organ Regeneration) et de Sophie Saunier (Institut Imagine, Paris) ainsi que la biotech Aircuris (https://www.aicuris.com/).