Équipe ROUAS-FREISS

HLA et tolérance immunitaire en oncologie et transplantation

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Notre équipe de recherche s’organise autour de trois groupes aux expertises complémentaires, fédérés par l’étude des molécules HLA classiques et non classiques, éléments centraux de la réponse immunitaire en transplantation et en oncologie.

Les travaux de l’équipe abordent les molécules HLA selon trois axes :

  1. Les molécules HLA en tant que présentatrices de peptides, en analysant les processus de génération, de modulation et de reconnaissance des peptides antigéniques par le TCR, afin de contribuer au développement de vaccins anti-cancéreux et de nouvelles stratégies d’immunothérapie.
  2. Les molécules HLA comme cibles antigéniques dans le contexte de l’alloréactivité T et B induite par le greffon, dans le but de prévenir les rejets et d’optimiser l’allocation des organes, tout en développant des approches thérapeutiques ciblant les anticorps anti-HLA.
  3. La molécule HLA-G en tant qu’acteur majeur d’induction de tolérance immunitaire, en vue d’exploiter ses propriétés immunomodulatrices, pour limiter le rejet de greffe et pour mieux comprendre – et potentiellement contrer – les mécanismes d’échappement tumoral.

L’ensemble des projets développés au sein de l’équipe converge vers des objectifs et enjeux translationnels communs :

  • En oncologie, contribuer au développement de stratégies thérapeutiques innovantes, reposant sur l’identification de biomarqueurs, la conception d’anticorps thérapeutiques et l’émergence de nouvelles molécules d’adressage ciblant les interactions immunitaires.
  • En transplantation, améliorer l’acceptation du greffon, affiner la prédiction et la prise en charge des rejets, et promouvoir une médecine plus personnalisée au bénéfice des patients greffés.

La dynamique de l’équipe repose sur le partage de méthodologies de pointe et d’approches intégratives, incluant les technologies de puces microfluidiques, la cytométrie spectrale, ainsi que des outils de bio-informatique dédiés à l’analyse, à l’intégration et à la modélisation de données complexes.

Photo de la cheffe d'équipe de l'équipe n°13 de l'IRSL : PharmD, PhD, HDR. Directeur de recherche CEA Nathalie ROUAS-FREISS (HLA et tolérance immunitaire en oncologie et transplantation)

Nathalie ROUAS-FREISS

PharmD, PhD, HDR. Directeur de recherche CEA || Cheffe d'équipe

Axes explorés

Groupe Robin FAHRAEUS / Sébastien APCHER

Axe 1 :  Identification et caractérisation des peptides issus de la traduction non canonique des ARNm cellulaires comme nouvelle source d’antigènes présentés par le CMH de classe I

Robin FAHRAEUS

Ce projet étudie les mécanismes de traduction non canonique conduisant à la production de PTPs (Pioneer Translation Products). Ces PTPs constituent une source privilégiée de peptides antigéniques pour la présentation par le CMH de classe I et participent de manière déterminante à l’activation des lymphocytes T CD8⁺. Leur caractérisation ouvre des perspectives en immuno-oncologie, sur les maladies auto-immunes, les infections virales en identifiant de nouveaux antigènes exploitables et en proposant des stratégies visant à renforcer la visibilité immunitaire des cellules modifiées.

Axe 2 : Développement de vaccins multi-épitopiques en cancérologie

Sébastien APCHER

Bien que près de 98 % du génome humain soit traditionnellement considéré comme non codant, ces régions constituent une source majeure et encore largement inexploitée d’antigènes tumoraux spécifiques. Les cellules cancéreuses expriment en effet de nombreux peptides issus de régions du génome habituellement peu étudiées, susceptibles d’être présentés par les molécules du complexe majeur d’histocompatibilité (CMH) et reconnus par les lymphocytes T cytotoxiques.

Cet axe de recherche vise à explorer ce génome sombre ou “ dark genome ”, en complément des régions codantes conventionnelles, afin d’élargir considérablement le répertoire de peptides tumoraux utilisables pour la conception de vaccins multi-épitopiques.

En élargissant l’espace antigénique exploitable, cette approche permet d’envisager des stratégies vaccinales plus étendues, plus robustes et potentiellement moins sensibles aux mécanismes d’échappement tumoral, contribuant ainsi au développement de nouvelles générations de vaccins anticancéreux.

Plus de leur axes

Axe 3 : Identification et développement de nouveaux composés pouvant améliorer la réponse immunitaire anti-tumorale

Sébastien APCHER

L’objectif de ce projet est de renforcer la reconnaissance des cellules cancéreuses par le système immunitaire en stimulant pharmacologiquement l’expression de néo-antigènes tumoraux par inhibition du splicéosome, un complexe macromoléculaire impliqué dans l’élimination des introns des ARNm précurseurs. La modulation du splicéosome, induite par ces traitements permet non seulement d’altérer quantitativement certains épitopes exprimés à la surface des cellules, mais surtout de générer qualitativement de nouveaux antigènes spécifiques des cellules tumorales traitées. Ces néo-antigènes favorisent ainsi une reconnaissance plus efficace et plus sélective des cellules cancéreuses par le système immunitaire, ouvrant la voie au développement de stratégies vaccinales innovantes en oncologie.

Axe 4 : Développement de conjugués anticorps-médicaments (ADCs) de nouvelle génération

Sébastien APCHER

Les conjugués anticorps-médicaments (Antibody-Drug Conjugates, ADCs) constituent une stratégie thérapeutique innovante qui combine la haute spécificité des anticorps monoclonaux avec la forte activité cytotoxique de petites molécules pharmacologiques. Cette approche permet un ciblage sélectif des cellules tumorales, optimisant l’efficacité antitumorale tout en limitant l’exposition systémique et la toxicité pour les tissus sains. Dans ce projet, nous visons à développer des ADCs utilisant de nouvelles molécules inhibitrices du splicéosome comme agents thérapeutiques, couplées à des anticorps monoclonaux dirigés contre des cibles tumorales innovantes, notamment l’anticorps monoclonal  HLA-G. Cette stratégie vise à renforcer l’efficacité antitumorale tout en améliorant le profil de tolérance des traitements, ouvrant de nouvelles perspectives en oncologie.

Groupe Jean-Luc TAUPIN

La transplantation d’organes solides est le traitement de référence de l’insuffisance terminale d’organe, mais le rejet de greffe reste fréquent. Le rejet humoral médié par les anticorps constitue la première cause identifiée d’échec en transplantation d’organe. Les anticorps anti-HLA spécifique du donneur (DSA), préexistants ou induits après la greffe, sont des marqueurs centraux et des acteurs directs du rejet en participant à l’alloréactivité T et B contre le greffon.

Axe 1 : Impact biologique et clinique des anticorps anti-HLA

Jean-Luc TAUPIN

Le suivi longitudinal des DSA est un outil central de la prise en charge des patients transplantés, mais l’identification des DSA réellement pathogènes reste un enjeu majeur. Le projet se concentre sur la caractérisation fine des DSA en termes d’épitopes reconnus, d’éplets partagés et de capacité alloréactif propre à chaque locus HLA. Une approche du projet est d’utiliser des outils bio-informatique de modélisation de structures HLA pour quantifier ces différences épitopiques induites par les polymorphismes entre donneur/receveur. Le but est de contribuer à une évaluation plus précise du risque immunologique des patients transplantés et vise à améliorer la prédiction du rejet et à guider des stratégies thérapeutiques spécifiques des DSA.

Axe 2 : Les acteurs et biomarqueurs du rejet de greffe

Carmen LEFAUCHEUR

Ce projet fait l’hypothèse que des lymphocytes T et B alloréactifs circulants, dotés d’un potentiel effecteur élevé et d’un répertoire oligoclonal, sont au cœur de la physiopathologie du rejet humoral. Notamment, le rôle des lymphocytes T folliculaires auxiliaires (Tfh) dans le rejet a été peu exploré malgré l’implication majeure des DSA. En combinant phénotypage immunitaire complexe, analyses transcriptionnelles et modèles de co-cultures in vitro, ce projet a pour but de mettre en évidence la coordination fonctionnelle entre Tfh et lymphocytes B dans la génération d’anticorps anti-HLA pathogènes. Enfin, des mécanismes de régulation impliquant les lymphocytes T régulateurs et les lymphocytes B transitionnels ont été décrits, dont l’altération contribue au mauvais pronostic des greffes rénales.

Groupe Nathalie ROUAS-FREISS

Historiquement, ce groupe a été mis en place à l’hôpital Saint-Louis par le CEA en 1991 en tant que Service de Recherches en Hémato-Immunologie (SRHI). Il constitue toujours un service rattaché à l’Institut de Biologie François Jacob (CEA-Direction de la Recherche Fondamentale).

Axe 1 :  Positionner HLA-G comme nouvelle cible thérapeutique dans l’immunothérapie des tumeurs 

Joel LEMAOULT – Jules RUSSICK – Nathalie ROUAS-FREISS

Développement de nouvelles approches méthodologiques
L’équipe a développé un modèle 3D d’études des interactions cellules tumorales/microenvironnement immunitaire (sphéroïdes) en puce microfluidique. Ce modèle permet de générer des avatars de tumeurs à partir de lignées ou de cellules primaires de patients et de tester leur réponse à de nouvelles stratégies thérapeutiques (monothérapie, combinées ou successives) adaptées à chaque patient ouvrant la voie à la médecine personnalisée.

Etude de la fonction antitumorale des cellules ILT2+ intratumorales et leur inhibition par les tumeurs HLA-G+
Grâce à des études de cytométrie spectrale (>35 marqueurs) sur des cohortes de patients, combinées avec des analyses de séquençage ARN, l’équipe a pu décrire plusieurs sous-populations de cellules lymphocytaires T CD8+ ILT2+ qui (i) constituent un réservoir de cellules cytotoxiques non exploitées à l’heure actuelle ; et (ii) corrèlent avec la réponse aux immunothérapies.

Comprendre l’effet du microenvironnement tumoral sur l’efficacité de la réponse immune antitumorale
Grâce au modèle de sphéroïdes en puce microfluidique, nous utilisons du milieu conditionné (milieu contenant les facteurs solubles sécrétés par les tumeurs primaires) pour étudier l’effet des facteurs solubles sur les cellules immunitaires.

Définition de nouvelles stratégies thérapeutiques
L’équipe développe de nouvelles stratégies thérapeutiques ciblant HLA-G. Elle évalue notamment la possibilité d’utiliser des anticorps bi-spécifiques, des anticorps monoclonaux ou des peptides ciblant les cellules tumorales HLA-G+ et/ou les cellules immunitaires exprimant ILT2+.

Axe 2 : Positionner HLA-G comme marqueur diagnostique de la stabilité du greffon et outil thérapeutique anti-rejet lors de thérapies allogéniques 

Nathalie ROUAS-FREISS – Joel LEMAOULT – Jules RUSSICK

Depuis notre première description de l’expression de HLA-G dans le contexte de la transplantation cardiaque en 2000, nous avons démontré qu’après une transplantation d’organe solide (cœur, poumon, rein et foie), l’expression de HLA-G était significativement observée chez les patients stables et non les patients en rejet. Nous avons constaté une diminution des anticorps anti-HLA, connus pour être impliqués dans le rejet d’allogreffe, chez les receveurs HLA-G+. Ces études ont permis de considérer HLA-G comme marqueur permettant d’identifier les patients présentant un faible risque de rejet et comme cible thérapeutique dans la définition de nouveaux traitements anti-rejet.

Rôle de la molécule HLA-G en transplantation pulmonaire en tant que marqueur prédictif de survie du greffon et cible thérapeutique anti-rejet
Après une LTx, le pronostic vital est associé à l’apparition d’un rejet chronique sous la forme d’un syndrome de bronchiolite oblitérante (BOS). Il est donc important de disposer de marqueurs prédictifs de l’évolution du greffon. Nous avions précédemment montré que l’expression de HLA-G par le tissu greffé est associée à l’acceptation de l’allogreffe. En vue d’identifier des marqueurs non invasifs, nous avons récemment décrit (i) qu’une proportion accrue de lymphocytes T périphériques CD4+CD57+ILT2+ au cours de la première année suivant la LTx (Brugière, JHLT 2022 et brevet CEA-FOCH), et (ii) des taux plasmatiques accrus de HLA-G vésiculaire (brevet CEA-FOCH en cours) permettent de distinguer les patients qui subiront un rejet ultérieur de ceux qui resteront stables 3 ans après la greffe. Le projet actuel vise à explorer la nature, l’origine, la fonction et l’utilisation clinique de ces vésicules extracellulaires hébergeant HLA-G (EVs HLA-G+) en partant de l’hypothèse qu’elles proviennent du greffon, qu’elles sont tolérogènes et qu’elles pourraient servir de marqueur prédictif non invasif ainsi que de nouvel outil thérapeutique contre le rejet. Ce projet est mené en collaboration avec (i) l’hôpital Foch (Olivier Brugière, service LTx, accès à la cohorte multicentrique nationale COLT) et (ii) le laboratoire des particules et des systèmes complexes de la Faculté des Saints-Pères (Florence Gazeau), expert en biologie et en utilisation thérapeutique des EVs.

HLA-G et thérapie cellulaire allogénique
Ce projet s’inscrit dans la continuité de nos récents résultats sur le rôle de HLA-G permettant à des kératinocytes en culture primaire d’acquérir des propriétés immunomodulatrices (Mestrallet, Cells 2021 et Front Immunol 2022). Nous étudions actuellement l’immunomodulation médiée par HLA-G pour améliorer la tolérance des greffes de peau autologues, qui sont généralement réalisées dans un contexte inflammatoire, ou des bio-bandages cutanés allogéniques, qui sont confrontés à un rejet immunitaire. L’objectif est la conception d’une peau composite bio-conçue de nouvelle génération présentant une tolérance immunitaire supérieure à celle des modèles de greffons actuels. Cette approche vise à tirer parti des propriétés tolérogènes de l’HLA-G. Ce projet rassemble des équipes d’experts en immunologie HLA-G (notre équipe), en études précliniques (porcines) et cliniques sur les greffes (Alexandre Lellouch, hôpital Tenon, Paris), et en remplacement cutané (JJ Lataillade et Stéphane Banzet, IRBA/CTSA, hôpital Percy). Capitalisant sur le travail accompli et l’expérience acquise au cours de ce premier projet sur l’ingénierie tissulaire avec HLA-G, nous souhaitons dans le futur transposer cette approche afin d’obtenir des organes solides tolérogènes exprimant HLA-G.

Membres de l'équipe

Alain HAZIOT

PhD, Emerite

Alexandra MASSON-LECOMTE

MD, PhD / PU-PH service d’urologie

Annabelle GOUJON

MD, PH / service d’urologie

Astrid LAROSA

M2

Carmen LEFAUCHEUR

MD PhD, PU-PH

Cédric USUREAU

MD PhD, Doctorant

Chantal SCHENOWITZ

Tech CEA

Christophe HENNEQUIN

MD, PhD, PU-PH / Chef de service de radiothérapie

Chrysoula DASKALOGIANNI

PhD, ingénieur de recherche

Clément DUMONT

MD PhD / PH service d’oncologie

Diego AMAYA-RAMIREZ

PhD, post-doctorant

Edgardo CAROSELLA

MD, PHD / Conseiller scientifique CEA

François DESGRANDCHAMPS

MD PhD, PU-PH / chef de service d’urologie

Isabelle PORAS

Tech CEA

Jean-Luc TAUPIN

PharmD PhD, PU-PH / chef de groupe

Jennifer BORDENAVE

PhD, postdoctorante CEA

Jérôme VÉRINE

MD, PhD / PH service d’anatomopathologie

Joël LEMAOULT

PhD, DR CEA

Jules RUSSICK

PhD, chercheur CEA

Justine HABAULT

PhD, post-doctorante

Kevin LOUIS

MD PhD, MCU-PH

Laurence MALBERT-COLAS

PhD, ingénieur d’étude

Lisa GIRALDO

MS, ingénieur

Louis CHARLES

Tech CEA

Lucas ROBIDAS

étudiant M2

Lucie VULLIEN

M2

Magali DEVRIESE

PharmD PhD, AHU post-doctorante

Malika DJOUADOU

infirmière AP-HP / service d’urologie

Margaux DUBOIS GUENRO

étudiante M2

Nathalie ROUAS-FREISS

PharmD, PhD, DR CEA / Cheffe d’équipe

Noémie VIGNES

M2 CEA

Nuala MOONEY

PhD, Emerite,

Olivier BRUGIÈRE

MD PhD, PU-PH / service de pneumologie

Robin FAHRAEUS

MD PhD, DR2 / chef de groupe

Sébastian TOROPOC

étudiant M2

Sébastien APCHER

PhD, DR / chef de groupe

Stéphane CULINE

MD PhD, PU-PH / chef de service d’oncologie médicale

Tej BETTOUMI

Assistante CEA

Victor WANG

Doctorant CEA

Vivien PEUX

Ing CEA

Publications

2026 Am J Obstet Gynecol.

Immune tolerance breakdown in pregnancy: transplantation parallels in chronic intervillositis and villitis of unknown etiology

Hannoun P, Rabant M, Usureau C, Taupin JL, Zuber J, Benachi A.

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2026 Am J Transplant

Partial endothelial-to-mesenchymal transition associates with endothelial human leukocyte antigen II expression and precedes the development of de novo donor-specific anti-human leukocyte antigen antibodies in kidney recipients experiencing a delayed graft function

Xu-Dubois YC, Taupin JL, Dao M, Luque Y, Ahmadpoor P, Louis K, Devriese M, Mohamadou I, Snanoudj NA, Brocheriou I, Buob D, Francois-Pradier H, Rondeau E, Galichon P, Hertig A.

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2026 Cell.

HLA export by melanoma cells decoys cytotoxic T cells to promote immune evasion

Yoav Chemla, Orit Itzhaki, Stav Melamed, Chen Weller, Yuval Sade, Paulee Manich, Keren Reshef, Nicolas Xenidis, Avishai Maliah, Gilad Levy, Roma Parikh, Osnat Bartok, Opal Levy, Itay Tal, Gal Aziel, Abraham Nissani, Sharon Yunger, Daniela Likonen, Vitaly Kliminsky, Tamar Golan, Coralie Capron, Valentina Ace, Ronen Levy, Diana Rasoulouniriana, Zohar Eyal, Yuval Barzilay, Roi Balaban, Aseel Khateeb, Rami Khosravi, Amir Grau, Tamar Ziv, Polina Greenberg, Dvir Netanely, Hananya Vaknin, Xunwei Wu, Yael Amitay, Ronen Brenner, Julia María Martínez Gómez, Dov Hershkovitz, Tal Yardeni, Valentina Zemser‑Werner, Oren Kobiler, Yael Friedmann, David Bassan, Ron Shamir, Lea Eisenbach, Nadine Santana‑Magal, Michael Milyavsky, Galit Eisenberg, Leeat Keren, Merav Cohen, Dvir Gur, Boaz Barak, Michal Lotem, David Sprinzak, Shoshana Greenberger, David Fisher, Michal J. Besser, Mehdi Khaled, Pierre Close, Ronnie Shapira, Sebastien Apcher, Asaf Madi, Mitchell P. Levesque, Francesca Rapino, Yaron Carmi, Shivang Parikh, Yardena Samuels, Carmit Levy

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2025 HLA

Biological Effects of F(ab’)2 Fragments Generated by Imlifidase From Anti-HLA IgG Antibodies From Transplant Patients

Devriese M, Carelli I, Giraldo L, Pin A, Groshaeny N, Silva SD, Bockermann R, Taupin JL.

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Financements